Adentre em Anomalith. No Japão do ano 20xx, Reona Minazuki, de 17 anos, torna-se uma Diver do Escritório de Contramedidas das Zonas de Anomalia após desaparecer sua melhor amiga, Arisa Kato, em uma dessas zonas.
Depois de ser a única sobrevivente de sua primeira incursão, Reona retorna voluntariamente a esses locais para encontrar Arisa e desvendar a origem das anomalias e o mistério de seus próprios poderes.
Durante as explorações, ela precisará enfrentar criaturas hostis, administrar sua munição e recuperar objetos anômalos para aprimorar suas armas e equipamentos.
