Metal Gear Solid 3: Snake Eater é a prequela de toda a série Metal Gear. A maioria dos elementos de jogo definidores da série foram transportados e, como antes, Snake deve usar furtividade e inteligência em vez de força bruta para se infiltrar nas zonas inimigas e eliminar seus principais adversários. Ao contrário dos jogos anteriores, esta parcela ocorre em uma grande selva ao ar livre. A cobra é capaz de usar camuflagem, subir em árvores, se esconder na grama alta ou usar roupas que o tornem menos perceptível.
No auge da Guerra Fria, o maior agente da América conhecido como The Boss deserta para a União Soviética. Ao mesmo tempo, um extremista chamado Coronel Volgin dispara um míssil nuclear portátil de fabricação americana no escritório de design soviético OKB-754, provocando um incidente internacional. Para que a América limpe seu nome e evite a Terceira Guerra Mundial, um homem chamado John e codinome Naked Snake é despachado pela unidade de forças especiais FOX para assassinar a mulher que lhe ensinou tudo.